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Desenho e Validação de Primers In Silico para Detecção do Vírus Sincicial Respiratório Humano
Fecha
2017Registro en:
QUEIROZ, Jackson Alves da Silva et al. Desenho e Validação de Primers In Silico para Detecção do Vírus Sincicial Respiratório Humano. Revista FIMCA, v. 4, n. 1, p. 17-30, 2017.
Autor
Queiroz, Jackson Alves da Silva
Alves, Luciane Soares
Dall’acqua, Deusilene Souza Vieira
Souza, Luan Felipo Botelho
Institución
Resumen
Introdução: O desenvolvimento de primers é extremamente importante
para pesquisas moleculares. Objetivos: O presente estudo objetivou
desenhar e validar primers in silico para detecção do vírus sincicial
respiratório humano (RSVH). Materiais e Métodos: Foi construído um
banco de 100 sequências de genoma completo do Vírus Sincicial
Respiratório Humano (RSVH) depositadas no Genbank (NCBI). Realizado
um alinhamento múltiplo global utilizando o algoritimo Clustal W,
mapeadas as regiões conservadas e selecionado os primers.
Posteriormente submetidos à análise dos parâmetros especificidade, pela
ferramenta BLAST, concentração de GC%, TMelting, comprimento,
formação de dímeros e hairpin utilizando o software Oligo Analyser,
validando-os para uso in vitro. Para discussão dos resultados, foram
selecionados 14 primers de estudos realizados, submetidos à metodologia
proposta neste estudo, comparando os dados obtidos. A região alvo
escolhida foi o gene da Glicoproteína G, pela presença de sítios
conservados. Resultados: Os primers amplificam um fragmento de 381pb,
que submetido a uma segunda PCR, resulta em 109 pb correspondente ao
tipo A do vírus e 168 pb para o tipo B, permitindo a detecção viral e a
distinção de genótipos. Os primers possuem tamanho de 21 a 24 pb, com
uma temperatura de melting entre 48,9º C e 55,3º C. A concentração de
GC% varia de 33,3% a 52,4%. O número de bases complementares na
análise de dímeros e hairpin manteve-se abaixo de 5 bases. A Energia
Livre de Gibbs (Delta G) acima de -9 kcal.mole(-1) como desejado.
Conclusão: Os valores obtidos na validação dos primers estão em
concordância com os já utilizados em estudos de referência, validando
assim o seu uso in vitro. Palavras-chave: Desenho de primers.
Bioinformática. Vírus Sincicial Respiratório. Análise In Silico. Dímeros.
Hairpin.