Resistência às Polimixinas em espécies do complexo Enterobacter cloacae e Klebsiella aerogenes no Brasil: caracterização fenotípica e molecular

Abstract

A produção de carbapenemases por enterobactérias é um problema de saúde pública global, uma vez que reduz as opções terapêuticas para tratamento das infecções causadas por essas bactérias, sendo necessário utilizar compostos de polimixinas como uma das últimas opçôes disponíveis. Nós investigamos a frequência e os mecanismos relacionados à resistência às polimixinas em amostras do complexo Enterobacter cloacae e Klebsiella aerogenes encaminhadas ao Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar (LAPIH/FIOCRUZ) no período de 2016 a 2018. A seleção das amostras foi realizada com a semeadura de 124 amostras (94 do complexo E. cloacae e 30 K. aerogenes) em meio de cultura EMB acrescido de 4 µg/mL de sulfato de colistina e submetidas posteriormente ao teste de microdiluição em caldo para a determinação da concentração mínima inibitória. O perfil de susceptibilidade a 17 antimicrobianos foi realizado através do teste disco difusão em ágar. Foi realizado PCR para detecção dos genes codificadores de carbapenemases (blaKPC, blaNDM e blaOXA-48) e genes plasmidiasis de resistência às polimixinas mcr (variantes alélicas 1-9). Foi realizado o sequenciamento do gene hsp60 para identificação das espécies do complexo E. cloacae e a determinação da diversidade genética foi realizada por PFGE e MLST. Das 124 amostras, 23 (19%) foram consideradas resistentes à colistina (19/94 complexo E. cloacae e 4/30 K. aerogenes) após a microdiluição em caldo com CIM variando de 4 a 128 µg/mL. E. hormaechei subsp. steigerwaltii foi a espécie mais frequente no complexo, seguido de E. cloacae subsp. cloacae Os antimicrobianos com menor taxa de resistência foram gentamicina (22%), amicacina (22%) e tigeciclina (22%). Pelo teste fenotípico BlueCarba foram detectadas 8 amostras produtoras de carbapenemases (serinobetalactamase=6 e metalobetalactamase=2). Através da PCR, essas carbapenemases foram identificadas como blaKPC n=6 e blaNDM n=2. Apenas em uma amostra foi detectado o gene mcr-9. Dentre as modificações encontradas em PmrA, PmrB, PhoP e PhoQ (proteínas do sistema de dois componentes), foi encontrada a substituição S175I em foi considerada deletéria entre as amostras de E. cloacae subsp cloacae. Foram identificados 13 perfis por PFGE no complexo E. cloacae, sendo o EcD (E. cloacae subsp cloacae) o mais frequente. Em K. aerogenes, 4 perfis foram identificados. Por MLST, 11 ST’s foram identificados (1 novo) em E. cloacae e 2 em K. aerogenes, sendo 1 novo. A taxa de resistência à polimixina, associada à resistência à maioria dos antimicrobianos testados e à presença de carbapenemases alerta para necessidade de mais estudos com objetivo de elucidar os mecanismos envolvidos com a resistência a polimixina no complexo E. cloacae e K. aerogenes e desenvolvimento de medidas para controle e prevenção de infecções causadas por bactérias multirresistentes