São raros os estudos comparativos que abordam as semelhanças e/ou diferenças florísticas entre as espécies do Cerrado e Mata atlântica. O foco do estudo é verificar se existem diferenças que suportem a separação das fitofisionomias do Cerradão, Cerrado Rupestre e das Florestas Estacionais presentes no Cerrado e Mata atlântica, como fitofisionomias distintas e relevantes para possuírem legislação própria. Deste modo o estudo busca demostrar por meio de análise multivariada de dados das similaridades e de dissimilaridade (SIMPER), entre as diferentes fitofisionomias. Foram selecionados mais de 60 trabalhos e dentre esses foram compilados os dados restando em 73 áreas. Através de análise multivariada dos dados, os resultados foram exibidos por meio de um Dendrograma (análise de agrupamento) e análise de coordenadas principais (PCoA) com índice de similaridade de Bray-Curtis e comprovado os grupos existentes pela PERMANOVA. O presente estudo confirma a existência de características distintas entre áreas de Cerrado, onde forma grupos diferenciados que embora possam ter aspectos comuns, são agrupamentos vegetais com diferentes peculiaridades florísticas e edafoclimáticas, confirmando que o Cerrado é um mosaico com características ecotonais evidentes e únicas. Ficando claro que, mesmo presentes em uma mesma matriz, cerrado rupestre, cerradão e florestas estacionais são suficientemente distintos ao cerrado e a floresta atlântica e devem ser considerados de maneira distinta na legislação federal.