O conhecimento sobre tolerância à inundação por plantas é predominantemente baseado em como esta tolerância se manifesta em indivíduos adultos. No entanto, esta habilidade pode diferir entre estágios ontogenéticos nas plantas, o que inclui sementes, o evento da germinação e as plântulas. Investigamos aqui se há tolerância à inundação e qual a sua duração em sementes, frutos (diásporos) e plântulas de Dipteryx alata, com vistas a compreender melhor a biologia e a distribuição desta espécie enquanto fornece informações úteis às atividades de restauração ecológica. Dois períodos de inundação (15 e 30 dias) com seus respectivos controles foram simulados em casa de vegetação, para frutos e plântulas, e em laboratório, para sementes. As sementes não sobreviveram à inundação simulada, enquanto os frutos apresentaram sobrevivência inferior a 11%. As plântulas sobreviveram ao alagamento de 15 dias, não diferindo da sobrevivência observada no controle, ao passo que 30 dias de alagamento lhes impuseram uma mortalidade de 22%. Também se observou um aumento no tempo médio de germinações a partir dos frutos submetidos à maior duração de alagamento, enquanto que o tempo de morte das plântulas submetidas a 30 dias de inundação teve pequena variação, concentrando-se no final do período de monitoramento. Estes resultados ajudam a compreender a distribuição da espécie no Pantanal, concentrada em áreas menos alagáveis, e a recomendar, dependendo do período de plantio e fase do ciclo hidrológico, o uso preferencial de plântulas ao invés de sementes em áreas sujeitas a inundações de pequena intensidade.