Objetivando a verificação da existência de plântulas originadas de embrião zigótico em viveiros comerciais de mudas cítricas, realizou-se o presente trabalho, utilizando a técnica de fAFLP e quatro espécies de porta-enxertos para citros. Verificou-se uma base genética estreita entre as espécies testadas, além de grande variabilidade entre os materiais, independentemente do viveiro em que foram coletados, o que permite concluir que a seleção visual, comumente realizada nos viveiros, é ineficiente.The purpose of this work was to verify the existence of seedlings originated from the zygotic embryo, in commercial nurseries of citric seedlings. I was used the AFLP technique and four species of citrus rootstocks. It was observed a narrow genetic base among the tested species and also a great variability among the materials, independent of the nursery that they were collected. These results showed that the visual selection, commonly done in the nurseries, is inefficient.