La papa nativa (Solanum andígena) se produce y comercializa en la zona andina del Ecuador, y representa la base de la alimentación de gran parte de la población, tanto urbana como rural. Actualmente, existe demanda por productos andinos debido a su alto valor nutritivo y contenido de bioactivos. La finalidad de este proyecto de investigación fue evaluar el contenido de antioxidantes (antocianinas) y micronutrientes (hierro, magnesio y calcio) en las variedades de papa nativa Puca Shungo, Yana Shungo y Yema de huevo, entera y pelada. Se realizaron análisis químicos para caracterizar las variedades de papa nativa, el método de pH diferencial mediante espectrofotometría UV-visible para cuantificar el contenido de antocianinas, y los métodos oficiales de la AOAC mediante Espectrofotometría de Absorción Atómica con Llama para la determinación de micronutrientes. El mayor contenido de antocianinas totales se encontró en la papa Yana Shungo entera con 252,77 mg/100 g de materia seca. De igual manera los contenidos más altos de hierro y magnesio se presentaron en la variedad Yana Shungo entera con valores de 8,38 y 152,64 mg/100 g de materia seca, respectivamente. En cuanto a calcio, el mayor  contenido fue de 55,47 mg/100 g de materia seca presente en la variedad Yema de huevo entera.