La expansión del SARS CoV-2 ha producido un cambio de paradigma en el manejo de las muestras clínicas. Los conocimientos sobre su potencial patógeno y los riesgos de su transmisión son actualmente muy dinámicos. El objetivo de este documento es proporcionar lineamientos para que los laboratorios puedan discutir y elaborar sus propios algoritmos de trabajo considerando los riesgos que se plantean en consonancia con cada Institución. Esta orientación provisional se basa en los conocimientos actuales sobre el virus y las recomendaciones de organismos nacionales e internacionales para el manejo de muestras clínicas en general y en particular, para aquellas muestras de pacientes con síntomas de COVID-19. Estas recomendaciones no pretenden reemplazar las pautas de bioseguridad existentes en cada laboratorio sino (a) reforzar la seguridad del personal de salud que se encuentra desempeñando las actividades de diagnóstico clínico y/o microbiológico, (b) concientizar a los trabajadores de los laboratorios en la implementación de medidas de bioprotección, que tal vez no hayan sido consideradas o abordadas anteriormente y (c) afianzar el entrenamiento del personal del laboratorio en buenas prácticas que permitan mantener una cultura de seguridad laboral.