No térreo, antigo sino da igreja e um belo Cordeiro com resplendor recebe o visitante. Na sala da esquerda, dados sobre o antiga capitania e um desenho com a disposição da igreja na praça elucida o urbanismo da antiga capital. As obra sacras que se destacam na sala da direita são a do patrono São José e uma imagem de Santana Mestra de grande porte de feitura da mais refinada estatuária barroca. Nas salas acima, além de belas fotos que representam as festas religiosas populares, as alfaias da matriz são apresentadas demostrando a opulência da prata, dos paramentos episcopais e aparato de altar. Destaca-se uma cruz processional lavrada em prata de origem portuguesa. Imagens de cunho popular e oratórios completam o rico acervo.Instalado na antiga Casa de Câmara e Cadeira da primeira capital do Ceará, o museu destaca-se arquitetonicamente na grande praça jesuítica na parte posterior da igreja. Restaurado para tal finalidade, recebeu cuidado e segura museografia para expor importante peças de esculturas barrocas. A criação do museu se inicia possivelmente na década de 1960, capitaneado pelo Radre José Hélio Paiva, mas é oficialmente instituído em 21 de junho de 1967 e inaugurado no dia 27de setembro do mesmo ano, pelo governador do Ceará Plácido Aderaldo Castelo que o vincula à Secretaria de Cultura do Estado.