RESUMEN: La Organización Mundial de la Salud estima 296 millones de personas con infección crónica por el virus de la hepatitis B (VHB) y 820.000 muertes/año relacionadas con esta infección. A pesar del programa de vacunación universal, aún hay regiones con alta prevalencia de Hepatitis B como la cuenca amazónica donde habitan varias comunidades indígenas. Por otra parte, el Virus de la Hepatitis Delta (VHD) infecta aproximadamente al 4,5% de las personas positivas para el antígeno de superficie del VHB (HBsAg) a nivel global, dado que el VHD utiliza el HBsAg para ensamblar la partícula viral e infectar los hepatocitos. La coinfección o superinfección VHB/VHD puede asociarse a cuadros severos. Entre las poblaciones con alta prevalencia de Hepatitis Delta se encuentran las comunidades indígenas de América. El objetivo de este estudio es caracterizar los marcadores serológicos y moleculares de infección por VHB y VHD en indígenas de cuatro departamentos de Colombia. Para cumplir el objetivo se realizaron trabajos de campo previa identificación de los casos de hepatitis B correspondientes a indígenas notificados al Sivigila entre 2015 y 2022 en los departamentos de Amazonas, Guaviare, Antioquia y La Guajira. Por cada caso que aceptó participar en el estudio se seleccionaron dos controles de la misma etnia pareados por sexo y edad. El diagnóstico de Hepatitis B de los casos se confirmó con la detección de los marcadores HBsAg y anti-HBc (IgM y total) por ELISA. Además, se evaluaron los niveles séricos de las enzimas ALT y AST y los marcadores HBeAg y Anti-HBe en muestras de casos con infección crónica y niveles séricos superiores al nivel normal de transaminasas. En todas las muestras con marcadores de infección por VHB se evaluó la presencia del marcador Anti-VHD Total. El genoma de VHB y VHD se intentó amplificar por PCR y RT-PCR en la totalidad de las muestras obtenida de los casos, previa extracción del ADN total y ARN viral, respectivamente. Posteriormente, se secuenciaron los amplicones correspondientes a las regiones S (422-758nt), preS1 (2440-58nt) y preS2 (3006-213nt) del genoma de VHB y la región que codifica para HDAg (887-1290nt) del genoma de VHD. Por último, se realizó un análisis filogenético por el método de Máxima Verosimilitud y Bayesiano para la caracterización de los genotipos virales; y se identificaron las variantes de escape del VHB mediante análisis de la secuencia de aminoácidos. En total se estudiaron 75 casos de hepatitis B notificados al Sivigila y 150 controles. La mayoría de los casos presentaban marcadores de hepatitis B crónica (62,67%), un caso con marcadores de reactivación (1,33%), seis casos con marcadores de resolución de la infección (8%) y 19 casos (25,3%) sin marcadores de infección por VHB. El genoma del VHB se detectó en 20/75 (26,67%) y el genoma de VHD en 18/75 (24%) muestras de los casos. Los marcadores serológicos y/o moleculares de la infección por VHD se detectaron en 22/75 (29,33%) de los casos. En los controles se encontró una prevalencia de Anti-HBc del 27,33% y se identificaron tres casos de infección oculta por VHB. En el análisis filogenético se caracterizó el genotipo F en 13 muestras (cinco subgenotipo F1b, siete subgenotipo F3 y una subgenotipo F4) y el genotipo D en siete secuencias. Se identificaron las mutaciones Q3L y P36T en PreS1 y en el dominio S se caracterizaron las mutaciones A17G, L94Q, Y100C, Y100S, T114P, G145A, y W199G. El genotipo III de VHD se caracterizó en 8/18 muestras y genotipo I en 10/18 muestras. Los resultados del estudio demuestran que la infección por VHB y VHD representa un problema de salud pública de estas comunidades indígenas, en particular las pertenecientes a los departamentos de Amazonas y Guaviare. Es de anotar la alta prevalencia de coinfección/superinfección por VHB y VHD (24%) en la población de estudio. Identificamos por primera vez en Colombia el genotipo I de VHD y la presencia de nuevos genotipos de VHB, F3, F4 y D, en comunidades indígenas. Este estudio demuestra la necesidad de abordar esta problemática de salud pública en las comunidades indígenas desde una mirada interdisciplinaria para fortalecer la prevención por medio de la vacunación, el diagnóstico, búsqueda activa y seguimiento de casos.