Chocó-Darien is an important biogeographic realm, as it is a terrestrial biodiversity hotspot and the southern limit of the Caribbean reefs. However, to date there are no compiled data on the reef fish assemblage of this region. We provide an updated checklist of marine fishes from the Chocó-Darien reef system (Colombia), with comments on their geographic distribution and conservation status. Peer-reviewed studies, unpublished data and in situ visual censuses were surveyed to compose this checklist. A total of 212 reef fish species across 57 families were compiled, eight of which had no previously published records, one of which (Trachinotus falcatus) is recorded for the first time. The most speciose families were Labridae (n = 21), Gobiidae (n = 18) and Serranidae (n = 17). Fourteen threatened species were recorded, including one critically endangered (Epinephelus striatus) and two endangered (Balistes vetula and Scarus coelestinus). This study contributes to fill the knowledge gaps on the reef fish diversity of the Caribbean southern limit and raises concern on the spread of the lionfish invasion into the Chocó-Darién reef system.El Chocó-Darién es una importante área biogeográfica, pues es un hotspot de biodiversidad terrestre y el límite sur de los arrecifes del Caribe. Sin embargo, hasta la fecha no existen datos compilados actualizados sobre las especies de peces de arrecife de esta región. En este trabajo proporcionamos una lista actualizada de peces marinos del sistema arrecifal del Chocó-Darién (Colombia), con comentarios sobre su distribución geográfica y estado de conservación. Para la elaboración de esta lista se consultaron publicaciones, datos no publicados y censos visuales in situ. Se recopilaron 212 especies de peces de arrecife de 57 familias. Ocho de estas especies no tenían registros previos publicados, y una de ellas es registrada por primera vez (Trachinotus falcatus). Las familias con mayor número de especies fueron Labridae (n = 21), Gobiidae (n = 18) y Serranidae (n = 17). Se registraron 14 especies amenazadas, entre ellas una en peligro crítico (Epinephelus striatus) y dos en peligro (Balistes vetula y Scarus coelestinus). Este estudio contribuye a complementar las lagunas de conocimiento sobre la diversidad de los peces de arrecife del límite sur del Caribe y plantea la preocupación de la invasión del pez león en el sistema arrecifal del Chocó-Darién.