The protection and conservation of rivers inside protected areas and aquifer recharges are of great importance in Colombia and one of the major commitments of the government, since surface water bodies usually originate in these ecosystems. Such systems therefore offer goods and services of water supply to large cities. The Santuario de Fauna y Flora Iguaque (SFFI) is a protected area of the Colombian Andean region composed of paramo and Andean forest ecosystems. The area, which provides water to both rural and urban communities, is managed by Parques Nacionales Naturales de Colombia (National Natural Parks of Colombia). In order to determine the ecological quality of the Mamarramos micro-basin, the CERA-S protocol (Simplified Ecological Quality for Andean Rivers) was applied. This tool integrates hydro-morphological quality with biotic index ABI. Three samplings were performed during dry season (October, November, and December 2015) in 10 sampling sites along the brooks of Carrizal, Francos, and Mamarramos. Obtained results qualify the micro-basin as a system in excellent state, thus providing valuable information for political and community leaders to make decisionsto conserve and prevent the detriment of the ecosystem due to anthropic activities.La protección y conservación de los ríos en zonas de reserva y recarga de acuíferos en Colombia es de vitalimportancia y uno de los principales compromisos del gobierno, debido a que en estos ecosistemas se formancuerpos hídricos, que ofrecen bienes y servicios, asociados al suministro de agua para las principales ciudades.El Santuario de Fauna y Flora Iguaque (SFFI) es un área protegida de la región andina colombiana, que presentaecosistemas de páramo y bosque andino. Es administrado por Parques Nacionales Naturales de Colombia(PNN) y provee de agua a comunidades urbanas y rurales en su zona de influencia. Para determinar la calidadecológica de la microcuenca Mamarramos se realizó un monitoreo, en el que se aplicó el protocolo CERA-S(Calidad Ecológica de Ríos Andinos Simplificado); esta herramienta integra la calidad hidromorfológica y elíndice biótico ABI. En este estudio se realizaron tres jornadas de muestreo en estiaje (octubre, noviembre ydiciembre de 2015) seleccionando 10 puntos de monitoreo sobre las quebradas Carrizal, Francos y Mamarramos.Los resultados obtenidos califican a la microcuenca en categoría excelente, proporcionando información quepermite a los líderes políticos y comunitarios, tomar decisiones para acciones de conservación y prevención deldeterioro del ecosistema por actividades antrópicas.