Planktonic bacteria are involved in the process of recycling energy and take part in the bio-geochemical cycles of carbon, nitrogen and phosphorus by the processes of mineralization and transformation from inorganic compounds to organic matter. Thus these compounds are available in higher trophic levels. Although we know the importance of these bacteria, the knowledge is still low about the processes particularly how are organized in the Andes trop-ical ecosystems. The aim of this study was to carry out the characterization of planktonic bacteria: biomass, abundance and morphology in the Andean wetlands of the Eastern Cordillera. Triplicate samples were taken from surface, deep and littoral water from three lakes (La Cristalina, Laguna Negra, and Laguna Verde) in Boyacá. We found low abundance and biomass but these are within the range for oligotrophic lakes. The bacillary forms were most common in these ecosystems. Variations in abundance were found in relation to the season, being higher during the dry season.Las bacterias planctónicas son organismos encargados del reciclaje de la energía ya que participan en los ciclos biogeoquímicos del carbono, nitrógeno y fósforo a través de los procesos de mineralización y transformación química de compuestos inorgánicos a orgánicos, dejándolos disponibles para ser utilizados por los niveles tróficos superiores. A pesar de su importancia es poco lo que se conoce de su estructuración en los ecosistemas tropicales altoandinos. Por esta razón, el objetivo de este trabajo fue caracterizar la biomasa, abundancia y morfología bacterioplanctónica en humedales altoandinos de la cordillera Oriental de Colombia, para lo cual se tomaron muestras triplicadas en tres zonas, superficie, fondo y litoral, en las lagunas Cristalina, Negra y Verde del departamento Boyacá. Se encontró que la abundancia y biomasa bacteriana son relativamente bajas y se encuentran dentro del intervalo para lagos oligotróficos y las formas bacilares son las más comunes en estos ecosistemas. Se encontraron variaciones en la abundancia en relación con la época del año, siendo más alta en época seca.