Colombia cuenta con una enorme diversidad de especies y ecosistemas, dentro de los cuales se encuentran los ecosis- temas subterráneos representados por cuevas, cavernas, simas, grutas y abrigos rocosos. La fauna y las interacciones ecológicas que albergan estos ecosistemas han sido pobremente estudiadas. Las condiciones extremas de luz, hume- dad relativa, y flujos de materia y energía, generan escenarios evolutivos y adaptativos únicos para dichos organismos. Este estudio utilizó el ADN ambiental (ADN liberado al medio a partir de diversos procesos biológicos como la excreción o recambio de células) y la técnica de “Metabarcoding” para conocer la diversidad de vertebrados presen- tes en estos ecosistemas. Se colectaron y filtraron muestras de agua en 12 cuevas y cavernas en los departamentos de Antioquia, Cundinamarca, Santander, Boyacá y Amazonas. Se extrajo ADN total, amplificando y secuenciando la región 12s mediante secuenciación masiva por el sistema Hi Seq de Illumina. Las secuencias obtenidas fueron com- paradas con bases de datos libres para realizar la identificación a nivel de género y especie. Se encontró representación de todas las clases de vertebrados en la mayoría (90%) de las localidades muestreadas, con un total de 60 géneros. En la localidad amazónica solo se reportaron mamíferos (murciélagos) y aves (Capromulgiformes-guácharos). La diver- sidad Alpha más alta (expShannon=15.8) se detectó en la gruta de La Cascada (entrada y caída del salto de agua) en el departamento de Boyacá, caracterizada por géneros de aves como Anas, Spizaetus y Columba, así como murciélagos (Carollia), roedores (Rhipidomys) y peces (Bryconamericus). La diversidad Alpha más baja (expShannon=2.1) se detectó en las cuevas la Tronera y Sardinas (partes profundas) en el departamento de Santander, donde se encontró únicamente el género de murciélagos Myotis. La diversidad beta (reportada en disimilaridad de Bray Curtis) sugirió que la cueva amazónica fue las más disímil, mientras que las cuevas de la región andina fueron las más similares en cuanto a la composición de géneros. Este es el primer estudio de este tipo que se realiza en el país y sus resultados prometedores sugieren que esta técnica puede ser de gran utilidad para conocer la diversidad en estos ecosistemas en el país.Bogotá