En el presente trabajo se analiza una forma de evaluación de la relación entre las habilidades metacognitivas y la elaboración de mapas mentales como estrategia para el aprendizaje de la adaptación como concepto estructurante de la biología en estudiantes de grado noveno, para ello se emplean tres instrumentos: primero una prueba de habilidades metacognitivas (MAI) específicamente para las habilidades de planeación, organización y depuración asociadas a los componentes de conciencia y control , segundo un grupo de 4 mediaciones relacionadas con las fases de exploración, estructuración y transferencia para los conceptos de biopoblación, selección natural, supervivencia y variabilidad genética asociados al concepto estructurante de adaptación y tercero, el análisis de mapas mentales como organizadores gráficos que dieran cuenta tanto del tipo de habilidades metacognitivas como del nivel de apropiación de los conceptos asociados que llevaran a la construcción del concepto de adaptación. Se aplicaron los instrumentos a 30 estudiantes de grado noveno de la IED Paulo Freire ubicada en Bogotá, de los cuales se seleccionó una muestra de 12 estudiantes dado el corte microgenético de la metodología propuesta. Se analizaron y compararon los resultados de los doce estudiantes y se diseñó un modelo de comparación entre las variables para establecer la relación entre instrumentos. Los resultados indican que existe una relación directa entre las habilidades metacognitivas de regulación y control respecto al nivel de apropiación de los conceptos biológicos asociados; sin embargo no se alcanzan los niveles de apropiación que permitan la construcción del concepto de adaptación. Por otro lado se observa que los mapas mentales permiten evidenciar los niveles alcanzados por los estudiantes, pero son instrumentos que requieren práctica, tiempo y seguimiento en su elaboración.