Se presenta una reseña histórica sobre el origen, consolidación, actualidad y perspectivas del Herbario de la Pontificia Universidad Javeriana (HPUJ). Entre los sucesos más importantes se destaca la inscripción en el Index Herbariorum bajo el acrónimo HPUJ en 1986 y el registro oficial ante el Instituto Alexander von Humboldt en 2001 (Registro No. 11), según la Resolución 1115 de 2000 del Ministerio del Medio Ambiente. El objetivo del HPUJ es ser una colección de referencia científica reconocida y centro de docencia e investigación de la flora de Colombia, que cumpla con las funciones de conservación, investigación, docencia, exhibición y servicio. Actualmente el HPUJ reúne cerca de 42.000 ejemplares organizados en dos grandes grupos uno la colección general que comprende las Spermatophyta (Angiospermae y Gymnospermae) y un segundo grupo denominado colecciones menores que incluyen colecciones de tipos, pteridofitos, briofitos, líquenes, algas macroscópicas, micoteca (macrohongos), antoteca (flores en preservante líquido), carpoteca (frutos y semillas), xiloteca (muestras de madera), palinoteca (muestras de polen), colección en sílica gel, ilustraciones botánicas y productos etnobotánicos. Actualmente el herbario tiene su mayor fortaleza en la flora de alta montaña colombiana y en la familia Orchidaceae.