Se estudian los fines de las penas y los modelos punitivos presentes en el sistema penal ordinario colombiano y la aplicación de los mismos mediante el uso de ejemplos contenidos en el Código Penal y el Código de Procedimiento Penal. Adicionalmente, se realiza un análisis de los supuestos encontrados en la doctrina de la Justicia Transicional, que fueron adoptados por la Jurisdicción Especial para la Paz para lograr la reconciliación entre la población civil. Finalmente, se realiza una comparación entre sistemas para observar cómo la posibilidad de contar con un tribunal especializado e independiente aumenta las posibilidades de lograr la reconstrucción de la memoria histórica del país.