Objetivo: Evaluar la aplicación del algoritmo de vigilancia para Zika del Instituto Nacional de Salud de Colombia en recién nacidos y gestantes desde octubre de 2015 a junio de 2017 en Bogotá y Cali (Colombia). Métodos: Estudio descriptivo. Los datos se obtuvieron de fichas del Sistema Nacional de Vigilancia en Salud Pública y los Programas de Vigilancia y Seguimiento de Niños con Defectos Congénitos de Bogotá y Cali. Se calculó frecuencia de sexo, afiliación al sistema de salud y de defectos congénitos de los recién nacidos (RN); además, el cumplimiento del algoritmo y su diagnóstico presuntivo. Resultados: Se obtuvieron un total de 597 registros. El 49,9% de los RN fueron de sexo masculino y el 79% presentaron anomalías del sistema nervioso central (SNC), microcefalia (29%) e hidrocefalia (20%). De las gestantes con información, se reportó Zika positivo en el 16%; toxoplasmosis, en el 4%, y citomegalovirus y sífilis, cada una con un 2%. De RN con exámenes, las anomalías del SNC se detectaron con ecografía cerebral (39%), resonancia magnética (38%) y tomografía axial computarizada (35%). Conclusiones: El INS generó un algoritmo ajustado a los parámetros internacionales de vigilancia que permite identificar de forma temprana posibles complicaciones, por lo que su incorporación total debe servir para reducir discapacidad y mortalidad. La evaluación de la aplicación de este protocolo, debido a las múltiples fuentes de información, dificulta sacar conclusiones definitivas, dado el contexto del sistema de salud colombiano.