La enfermedad de la motoneurona (EMN) es un trastorno neurodegenerativo caracterizado por la degeneración de la motoneurona superior y/o inferior, asociado con el aumento de la concentración de hierro en el cerebro. Esta patología fatal está distribuida uniformemente en la población mundial con altos índices de mortalidad. Hemos implementado una serie de pasos automáticos en grado de analizar imágenes por resonancia magnética para cuantificar la susceptibilidad magnética de la corteza motora. El procesamiento incluyó el uso de FreeSurfer para segmentar automáticamente el cerebro, además el algoritmo Quantitative Susceptibiltiy Mapping y el algoritmo de reducción de artefactos de rayas. La oblicuidad de la distribución de la susceptibilidad en la sustancia gris y la media de la susceptibilidad en la sustancia blanca adyacente mostraron anomalías en pacientes con EMN. Además, la susceptibilidad media en la sustancia blanca presentó una correlación con la duración de la enfermedad y con el puntaje clínico funcional. La serie de pasos acá presentados puede ser fácilmente adaptada para cuantificar la susceptibilidad magnética en cualquier región del cerebro para cualquier enfermedad neurodegenerativa.