Inicialmente, define-se hipermídia a partir dos conceitos de hipertexto e multimídia. Apresenta-se, em seguida, a Teoria da Flexibilidade Cognitiva (TFC), que nasce atrelada à concepção dos sistemas hipermídia de aprendizagem, investigando-se sua possível relação com os conceitos de interdisciplinaridade e complexidade. A síntese da discussão aponta para a convergência entre os conceitos de complexidade e interdisciplinaridade no âmbito da aprendizagem avançada e para a hipótese de que sistemas hipermídia também podem ser materiais educativos adequados para promover a flexibilidade cognitiva a partir da abordagem interdisciplinar de conteúdos complexos. Apresenta-se também, a descrição do desenho instrucional do sistema "Biomec" como exemplo de sistema hipermídia de aprendizagem desenvolvido a partir dos fundamentos teóricos discutidos anteriormente.