Investigam-se elementos da Arquitetura da Informação à serem considerados em web site de periódico científico, descrevendo-se critérios de qualidade e variáveis que devem ser mantidos, a fim de garantir a permanência das funções memória e disseminação, inerentes ao processo de comunicação científica. Apresentam-se o ‘Modelo para análise de estrutura de periódicos científicos eletrônicos’ e um estudo descritivo e comparativo dos web site das revistas Ciência da Informação On-line e DataGramaZero. Resultados apontam a Arquitetura da Informação como uma área de estudos que poderá subsidiar bibliotecários, autores e leitores na identificação de periódicos de qualidade, e editores no desenvolvimento de projetos de periódicos científicos eletrônicos.