El Archipiélago de Juan Fernández se encuentra formado por tres islas situadas a 667 km de Chile continental y con una edad geológica aproximada de 1 a 4 millones de años. El elevado porcentaje de endem-ismo en relación a su superficie motivó que fuera declarado Parque Nacional de Chile y posteriormente Reserva de la Biosfera. La diversidad genética en especies de angiospermas endémicas en la isla Robinson Crusoe se encuentra modelada por numerosos factores entre ios cuales destacan los procesos de especiación (anagénesis y ciadogénesis) y de perturbación antrópica, estos últimos han provocado la disminución del número de poblaciones e individuos endémicos. Los objetivos de este trabajo son a) conocer la diversidad genética de las especies endémicas Dysopsis hirsuta, Escallonia callcottiae, Gunnera bracteata, G. peltata y Ugni selkirkii, y de sus parentales continentales b) evaluar la relación de la diversidad genética con los procesos de especiación y c) definir áreas de interés en conservación dentro de la Isla Robinson Crusoe. Se analizaron un total de 50 poblaciones de todas las especies, utilizando la técnica molecular de AFLR Los parámetros de diversidad genética obtenidos permitieron evaluar la relación con ios procesos de especiación y la definición de zonas de mayor diversidad genética en cada una de las especies. Los resultados muestran que los géneros Dysopsis, Escallonia y Ugni presentan valores de diversidad muy cercanos a las especies continentales relacionadas, confirmiando el tipo de especiación anagenética; mientras que Gunnera presenta valores menores que la especie continental, evidenciando un proceso cladogenético. Los valores de diversidad permiten proponer como principales áreas de interés para la conservación desde un punto genético son Plazoleta El Yunque, Rebaje de la Pina y Villagra. Los sitios enunciados coinciden con aquellos definidos a través de la riqueza de especies. Los autores agradecen al Proyecto FONDECYT N " 1160794. Palabras claves: AFLP, anagénesis, áreas prioritarias, ciadogénesis, variabiHdad genética.FONDECYTFONDECYT