This work presents an innovative experience which is based on the transdisciplinarity exercised from an educational leadership and managed by teachers and authorities. This innovation is based on a project which was submitted to participate in a regional competition of educational innovation. This project was done from a transdisciplinar perspective, for instance, Physics, Chemistry and Math. The problem which this proposal stemmed from was “how can we work transdisciplinarity with students? The aim of this project was to innovate and improve the teaching process of sciences through transdisciplinarity. Throughout this project, we could observe high concentration levels and joy among students. Furthermore, it was possible to integrate and achieve the learning objectives from different perspectives and achieve the complementarity of different subjects.En este trabajo se socializa una experiencia docente innovadora fundamentada en la transdisciplinariedad ejercida desde el liderazgo educativo gestionado por docentes y directivos. Esta innovación se basa en un proyecto para participar en un concurso regional de innovación educativa, el cual se trabajó de forma transdisciplinar con asignaturas del área de ciencias experimentales como: física, química y matemática. El problema del que partió la propuesta es ¿cómo trabajar con los estudiantes de manera transdisciplinar? El objetivo del proyecto fue innovar y mejorar los procesos de enseñanza de las ciencias experimentales desde la transdisciplinariedad. Durante el desarrollo del proyecto se pudo evidenciar altos niveles de concentración y disfrute por parte de los estudiantes; además, desde las diferentes perspectivas y complementariedad de las asignaturas, se logró integrar y abordar sus principales objetivos de aprendizaje.