Los problemas fitosanitarios del tomate de árbol, en orden de importancia, son: el nematodo del nudo de la raíz (Meloidogyne incognita), antracnosis del fruto (Colletotrichum gloesporoides), tizón tardío o lancha (Phytophthora infestans) y la mancha negra del tronco (Fusarium solani). Las dos últimas son usualmente confundidas por la similitud de los síntomas iníciales que causan en tallo y ramas. Este documento da una descripción detallada de cada enfermedad y recomendaciones de control cultural y control químico.