El protocolo 3 tiene como título Características sanitarias donde se registra los datos de: metodología para evaluación de principales plagas de café, infestación de la broca del café, infestación del minador de la hoja del café, infestación de la escama verde del café, daño del talador de la rama del café, metodología para evaluación de principales enfermedades en café, incidencias de enfermedades presentes en el fruto, severidad de roya.