El Programa de Cacao y Café en el año 2016 manejó dos proyectos: "Identificación, recolecta y multiplicación de accesiones de cacao tipo nacional en la provincia de Manabí" y "La evaluación multilocal del comportamiento agronómico, productivo, sanitario y organoléctico de selecciones de café arábigo y robusta". Realizó dos publicaciones y participó en tres eventos de difusión científica y técnica.