En la identificación de las enfermedades de las plantas, la primera alternativa que el fitopatólogo determina es, si se trata de una enfermedad causada por un agente infeccioso o por un factor del medio ambiente. Generalmente, los agentes infecciosos (hongos, bacterias, virus, etc) producen, en alguna parte de la planta, síntomas muy característicos como: pudriciones de la raíz y tallo, marchitamientos, manchas de las hojas, quemazones, royas, carbones, mosaicos, etc...