Se considera que la América del Sur es la fuente de mayor variabilidad genética de cacao. De acuerdo a las teorías de Pouno y Chessman (1938-1944), el cacao es nativo de la región Amazónica cuyo genocentro de origen, es un triangulo geográfico comprendido entre los ortos Putumayo, Caquet& y Napo, donde se ha encontrado una gran variabilidad de las especies del género. De allí, se distribuya hasta el sur de México donde ocurrió su domestisacion.