El Programa de Cacao y Café de la Estación Central de la Amazonía (EECA) en el año 2017, desarrolló sus actividades bajo cuatro proyectos relacionados con el mejoramiento de cacao de tipo Nacional, de café robusta y de café arábigo, así, en cacao, actualmente trabaja con poblaciones de híbridos provenientes de cruzas dirigidas y obtenidos de fincas de productores por hibridación natural, así como con clones en diferentes etapas del proceso de mejoramiento, en café robusta se trabaja con híbridos naturales que han sido clonados y se encuentran también en etapas avanzadas del proceso de mejoramiento, en tanto que para café arábigo, específicamente se trabaja con variedades obtenidas del Programa Nacional y de importación realizada años atrás por el Ministerio de Agricultura que se evalúan en diferentes ambientes de las provincias de la Región Amazónica Ecuatoriana (RAE) para a mediano plazo recomendar clones y variedades adaptados a las condiciones locales.