El INIAP ha adoptado la Planificación Estratégica como un proceso a través del cual está institucionalizando una estructura rectora del proceso, la que se encarga de mantener los nexos de información y trabajo con unidades afines de los organismos superiores de planificación central, tales como: CONADE, SENACYT, Dirección de Planificación del MAG y demás organismos directamente involucrados en los campos de investigación, transferencia de tecnología, educación agropecuaria y otras actividades de desarrollo agropecuario. La Dirección de Planificación del INIAP, además de sus funciones específicas, analiza los factores socio-políticos, económicos e institucionales en los que está inmerso el Instituto. Igualmente, se encarga de diseñar los mecanismos más adecuados para receptar y sintetizar las demandas y necesidades de tecnología que son analizadas en un marco de interrelación con usuarios y clientes.