Fitopatología se ocupa de las enfermedades de las plantas provocadas por hongos, bacterias, virus y nemátodos. En consideración a la importancia de los problemas de orden patológico que se presentan en los cultivos de la Sierra, el Departamento de Fitopatología ha tratado de solucionarlos con diferentes medidas de control. Se hizo énfasis en 1969 en el tratamiento de enfermedades fungosas de los principales cultivos de: papa, maíz, pastos y cereales.