Las industrias Pymes del subsector dedicado a la producción y conservación de camarón se vieron afectadas por la pandemia del COVID-19, estas industrias disminuyeron sus utilidades debido a la paralización de la producción ya que muchosde los obreros que trabajan en este tipo de industrias se contagiaron con el virus del Covid- 19, lo cual obligó a las empresas del sector camaronera adaptarse a este tipo decrisis, lo cual generó problemas en las industrias. La presente investigación se centra en el diseño de una metodología ágil para la práctica de auditoría interna para el afrontamiento en momentos de crisis en Pymesdel subsector industrial de preparación y conservación de camarón de la ciudad de Guayaquil. La investigación por su finalidad fue aplicada, de tipo descriptivaexplicativa, con enfoque cualitativo, se optó por realizar un muestreo no probabilísticopor conveniencia, se utilizó como instrumento de levantamiento de información la entrevista, se realizaron entrevistas a expertos con sólidos conocimientos de auditoríay del proceso de preparación y conservación del camarón. Los resultados obtenidos luego de la aplicación de las entrevistas indicaron que las nuevas prácticas de auditoría interna son más flexibles y eficaces a comparación de la metodología clásica. De tal manera que se concluye que las metodologías ágiles de auditoría dan un valor agregado al proceso producción conservación del camarón.