Las instituciones prestadoras de Servicios de Salud, generan diariamente residuos que presentan riesgos potenciales de peligrosidad, tanto para el personal, como para pacientes y visitantes, siendo relevante el manejo adecuado de los mismos. Los problemas de una mala prestación han obligado a gobiernos de diferentes países a modernizar su arquitectura empresarial con el propósito que existan estándares legales, procedimentales y de gestión facilitando el uso de competencias legales de mejoramiento continuo. El objetivo principal es proponer un Modelo de limpieza y manejo de desechos en el Hospital del Ingenio San Carlos para mejorar la bioseguridad, ubicado en el Cantón Marcelino Maridueña de la Provincia del Guayas, a través de un estudio observacional, descriptivo, analítico y de campo, longitudinal de tipo retrospectivo. Los resultados obtenidos por la observación directa-participativa, reflejaron: carencia de un sistema integrado de limpieza y bioseguridad intrahospitalaria, procesos de limpieza poco seguros, documentos de gestión incompletos, desconocimiento del personal y otros aspectos que no ayudan a dotar la calidad de un servicio hospitalario. Por lo tanto, es importante desarrollar el proyecto para implementar una adecuada limpieza y la respectiva aplicación de normativas de bioseguridad, a través de herramientas de gestión que permitan planear, organizar, ejecutar y controlar cada paso del proceso, prestando un servicio de calidad, contribuyendo al cuidado del medio ambiente, mejorando las condiciones actuales del Hospital, enmarcados dentro de las normativas gubernamentales.