Las malformaciones del aparato digestivo son de especial interés, puesto que la mayoría requieren resolución quirúrgica inmediata dentro de los primeras horas o días de vida; resulta entonces, de vital importancia estudiar la prevalencia de las malformaciones congénitas y conocer cuáles son las más frecuentes. En nuestro medio no existen estudios que determinen la prevalencia de dichas patologías, cuyas tendencias de supervivencia han cambiado gracias a la tecnología, diagnóstico precoz y los avances quirúrgicos. MÉTODOS Se realizó un estudio de prevalencia, los criterios de inclusión fueron pacientes neonatos con diagnóstico confirmado ya sea por cualquier tipo de estudio imagenológico (ecografía, radiografía) o examen físico de patologías congénitas gastrointestinales. Se excluyeron pacientes neonatos con patologías gastrointestinales adquiridas y aquellos con comorbilidades asociadas o traumas durante el parto.El objetivo principal de este estudio fue determinar la frecuencia en la que se presentaron dichas patologías. RESULTADOS La prevalencia de las Malformaciones Gastrointestinales, fue de 12.8 %. La patología más común fue la gastrosquisis (10 pacientes 32.2%), seguida de la atresia duodenal (22.6%). Según los datos recolectados, la vía de nacimiento mediante cesárea fue la más común (61.3%), en el caso de los pacientes con gastrosquisis, 3 de ellos (30%) nacieron mediante parto vaginal.