Neste trabalho foram estudadas 120 escolas atendidas pelo Programa Nacional de Alimentação Escolar na cidade de Porto Alegre – RS, para tanto utilizou-se uma lista de Verificação das Boas Práticas. Além disso, foi realizada análise de amostra de água utilizada no preparo da alimentação escolar, quanto à presença de mesófilos aeróbios totais, coliformes totais, Escherichia coli, Shigella spp., Giardia sp. e Cryptosporidium spp. Também foram feitas coletas das superfícies de cinco equipamentos e utensílios para a quantificação de microrganismos mesófilos heterotróficos e avaliação quantitativa através da ATP bioluminescência. Junto a isto, alimentos foram coletados e analisados quanto à presença de E. coli, Staphylococcus coagulase positiva, Salmonella spp. e Shigella spp. Os resultados da lista de Verificação das Boas Práticas indicaram que a maioria das escolas (64%) foi classificada em situação de risco sanitário regular. A análise bacteriológica das amostras de água indicou presença de Escherichia coli em 8,3% das escolas. Foram encontrados (oo)cistos de Cryptosporidium spp. e Giardia sp. na água colhida em três escolas. Em relação às contagens de mesófilos heterotróficos, a maioria das superfícies dos equipamentos apresentou índices satisfatórios. Na maioria das escolas, os valores de ATP bioluminescência encontrados indicavam higienização inadequada. Cinco dos alimentos analisados apresentaram Escherichia coli acima do permitido pela legislação. Dois alimentos indicaram presença de Staphylococcus coagulase positiva. Esses resultados demonstram que os manipuladores necessitam de capacitação e maior acompanhamento das atividades relacionadas ao preparo dos alimentos e higienização de superfícies de equipamentos e utensílios. A implementação das Boas Práticas de Manipulação e Processamento, sob supervisão de nutricionistas e investimento na manutenção das instalações das escolas, é necessária para garantir a segurança dos alimentos servidos aos escolares.This study included 120 schools supported by the National School Feeding Program (PNAE) in the city of Porto Alegre, Brazil, and a Best Practices Checklist for analysis was used. In addition, samples of water used to prepare school meals were analyzed to detect total aerobic mesophiles, total coliforms, Escherichia coli, Shigella spp., Giardia sp. and Cryptosporidium spp. Samples were collected from the surface of five equipments and utensils to quantify heterotrophic mesophilic microorganisms and quantitative evaluations using ATP bioluminescence. Also, samples of food were collected and analyzed to detect the presence of E. coli, coagulase-positive Staphylococcus, Salmonella spp. and Shigella spp. The best practices checklist indicated that most of the schools (64%) were in a situation of regular sanitary risk. Bacteriological analysis of the water samples showed that Escherichia coli were found in 8.3% of the schools. Cryptosporidium spp. and Giardia sp oocysts were found in water samples collected in three schools. Heterotrophic mesophile counts showed that surfaces of most utensils had acceptable contamination rates. In most schools, ATP bioluminescence values indicated inadequate cleaning. Five food samples had Escherichia coli levels above those allowed by legislation. Coagulase-positive Staphylococcus were found in two samples of food. These results show that people who manipulate food need better training and must be followed up closely during food preparation and cleaning of equipments and utensils‟ surfaces. Better Practices for Handling and Processing Foods, under the supervision of nutritionists as well as more investments in the maintenance of school facilities, should be implemented in order to make sure that food offered to students is safe.