La maduración de la Biología Molecular de nuestros tiempos ha cambiado de forma significativa, la forma en que miramos a la célula: ello permite un acercamiento holístico y no determinístico. Las nuevas tecnologías que han dado lugar al acceso a grande volúmenes de datos, el mayor poder computacional y el diseño de nuevos algoritmos, han cambiado la actitud de muchos científicos sobre cómo solucionar algunos de sus problemas.Con la finalización del genoma humano y el crecimiento en número de diversos genomas secuenciales, una nueva era de la investigación sobre evolución molecular está tomando forma. La gran cantidad de avances tecnológicos en el área biológicas, están llevando a la unificación de campos científicos como la biología molecular, bioquímica, física, matemáticas y ciencia de la computación, lo que ahora se conoce como biología se sistemas. En este artículo hacemos un énfasis en los flujos de trabajo de bioinformática que permiten la adopción de enfoques comparativos que van más allá del estudio de organismos modelos de forma para dar forma a una nueva dimensión de estudios: los sistemas biológicos.