La investigación tuvo como objetivo general proponer estrategias metodológicas para el mejoramiento del desempeño académico de los estudiantes del cuarto subnivel de noveno año de EGBS en la asignatura de Ciencias Naturales de la Unidad Educativa “Isaac Jesús Barrera” ubicada en la Provincia de Imbabura, Cantón Otavalo, durante el año lectivo 2017-2018; se sustentó en el método cuantitativo-deductivo, enmarcada en una investigación de campo, en modalidad proyectiva, con sustento documental; se tomó para el estudio una muestra de 3 docentes de la institución encargados de impartir la asignatura de ciencias naturales para los paralelos de 9° y 35 estudiantes representados en el 11%; a los docentes se les aplicó una encuesta con un escalamiento tipo Likers y a los estudiantes una escala de estimación con las mismas características de respuestas, se obtuvo como resultado las siguientes conclusiones: el rendimiento académico de los estudiantes se encuentra en nivel de mejorables a bueno siendo influenciados por factores económicos de las familias de los estudiantes, los escasos recursos económicos impactan negativamente en el buen cumplimiento de deberes y actividades de carácter pedagógicos; los factores que inciden en el bajo rendimiento académico, el escaso interés de los estudiantes de 9° en el área de ciencias naturales se debe a que los padres y representantes no están generando acciones que favorezcan la calidad de los estudiantes, se adiciona las escasas condiciones que ofrece la institución escolar para la realización de los procesos experimentales como elemento importante de la consolidación de los contenidos en el área de ciencias naturales, por otro lado, los docentes se apega a los conceptos establecidos en los libros, alejándose cada día de la utilización de estrategias para promover la observación, exploración, comprobación, y experimentación dentro del proceso de enseñanza de las ciencias naturales.