Las anomalías congénitas son un importante problema de salud. Se realizó un estudio analítico retrospectivo. Se incluyeron 48 casos y 48 controles. Se utilizó estadística descriptiva para las variables cuantitativas y los estadígrafos Odds ratio y Chi cuadrado, para evaluar la relación entre factores de riesgo y malformaciones. Predominaron las malformaciones mayores, encontrándose 46, las más frecuentes fueron las del sistema cardiovascular (67.4 %), seguidas por las craneofaciales (10.9%) y las del sistema genitourinario (6.5%). Hubo 30 malformaciones menores, predominaron las de la piel (30%), craneofaciales (26.7%) y del sistema cardiovascular (20%). 18 neonatos tuvieron más de una malformación, de estos, once tuvieron más de una malformación mayor. Padecer infecciones vaginales, no recibir el suplemento de ácido fólico, consumir alcohol y la exposición a tabaco, tuvieron significación estadística. La interacción de múltiples factores, en un período de tiempo de vulnerabilidad, puede generar anomalías en el feto.Especialista en Pediatría