La microbiota inicial en el neonato por medio de parto abdominal, está sujeta fundamentalmente a la salud general de la madre. Estudios demuestran que el parto abdominal es estéril 100 %, a no ser que existan patologías como: Vaginosis bacteriana, sepsis neonatal, ruptura prematura de membrana, amnionitis, corioamnionitis o condilomas. En la presente investigación se investigaron las patologías que influyen en la formación temporal de la microbiota oral del recién nacido y sus consecuencias. Se estudiaron 15 partos abdominales, mediante hisopado bucal del neonato, atendidos en el Hospital Provincial General Docente de Riobamba.UNACH,Sede Ecuador