This research project aims to make a critical assessment of the internal control system of the credit department and portfolio Cooperative Savings and Crédito "Virgen del Cisne Ltd." The Mana Agency located at Av May 19 and Manabi the Canton of Mana Cotopaxi Province in the period 2012. Evaluation is the process and manual handling functions in the internal control system and the personnel actions with regard to qualification, approval and recovery of funds allocated during the period of examination. To meet the particular evaluation, a structured plan following assessment phases: preliminary planning Phase I, Phase II Evaluation Planning, Implementation Phase III and Phase IV assessment report preparation, Phase V deliverables, as which analyzes the results do not have a heightened risk as the index portfolio financial reporting agency is in the levels accepted. The factor is affecting the communication and activities, they have to make arrangements while on placement and credit recovery, due to the personal portfolio gives more credit placement operation, which impacts directly in the timely recovery of the loan portfolio and this is because the default payment of loans.El presente proyecto de investigación tiene por objetivo fundamental realizar una evaluación al sistema de control interno del departamento de crédito y cartera de la Cooperativa de Ahorro y Crédito “Virgen del Cisne Ltda.” Agencia La Mana ubicada en la Av. 19 de mayo y Manabí del Cantón La Mana Provincia de Cotopaxi en el periodo 2012. La evaluación consiste en el proceso y manejo del manual de funciones en el sistema de control interno y en el accionar del personal con relación a la calificación, aprobación y recuperación de los créditos asignados durante el periodo de exanimación. Para cumplir con la evaluación determinada se estructuro un plan de evaluación siguiendo las fases de: Fase I planificación preliminar, Fase II Planificación de la evaluación, Fase III Ejecución de la evaluación y Fase Iv Elaboración de informe, Fase V entrega de resultados, en lo que se analiza que los resultados no tienen situaciones de mayor riesgo ya que el índice de cartera que reporta la agencia financiera se encuentra en los niveles aceptados. El factor que afecta es el de la comunicación y el de actividades, que tienen que realizar al mismo tiempo sobre gestiones de colocación y recuperación de créditos, debido al que el personal de cartera le da a la colocación de crédito mayor operatividad, lo que repercute de manera directa en la recuperación oportuna de la cartera de crédito y a esto se debe la morosidad de pago de los créditos.