Introdução: Evidências sugerem o envolvimento do Sistema Complemento (SC) na patogenia da esquizofrenia (SZ) e do Transtorno de Humor Bipolar (THB). O SC é um sistema efetor importante na imunidade inata, sendo o Complemento 3 (C3) uma proteína central nas três vias distintas que podem levar a sua ativação. Objetivos: Comparar níveis de C3 e C4 entre pacientes com SZ crônicos estabilizados, pacientes com THB eutímicos e controles saudáveis pareados por sexo e idade. Metodologia: Recrutamos 53 pacientes com SZ, 20 pacientes com THB eutímicos e 80 voluntários saudáveis. Os pacientes preencheram critérios do DSM-IV para diagnóstico, e as condições psiquiátricas foram determinadas pelas escalas BPRS e CGI para SZ, e YMRS e HAMD para THB. Foram coletados 5 ml de sangue sem anticoagulante de cada participante, e os níveis de C3 e C4 foram quantificados no soro pelo método de nefelometria. As análises descritivas foram apresentadas como média ± DP ou mediana e valores de p <0,05 foram considerados significativos. As relações entre as variáveis foram avaliadas através da correlação de Spearman. Resultados: C3 foi significativamente maior em pacientes com SZ quando comparada com controles (p<0.011) ou eutímicos (p<0.011). Níveis de C3 não foram diferentes nos controles em comparação com pacientes com THB eutímicos (p=0.998). Não houve diferença significativa nos níveis séricos de C4 entre os três grupos (p=0.164). Nenhuma correlação foi encontrada em pacientes com SZ entre dose de antipsicóticos e C3 (p=0.613) ou C4 (p=0.668). Conclusões: Nossos resultados sugerem a ativação do sistema complemento na SZ, indicado pelo aumento dos níveis de C3. Tal ativação provavelmente está ocorrendo pela via alternativa, uma vez que não houve aumento significativo nos níveis de C4.