Esta tesis tiene como objetivo diseñar un Sistema de Control Operacional para el área logística de una empresa distribuidora de productos farmacéuticos. Para el desarrollo de la presente se revisaron conceptos básicos en los cuales se enmarca la tesis, luego se realizó el diagnóstico de la situación interna y externa del área, que permitió identificar y medir los principales problemas. A continuación se diseñó e implementó el Sistema de Control para la bodega, partiendo de la elaboración de la planificación estratégica, definición del Mapa Estratégico, construcción del Cuadro de Mando Integral y las Gráficas de Tendencia. Se identificaron también las iniciativas estratégicas y se implementaron 5 S y Mapeo de Procesos con las cuales se consiguió aumentar los pedidos despachados y entregados a tiempo, reducir los despachos incorrectos, aumentar la productividad de la mano de obra y reducir los costos. Finalmente se establecieron los procesos para el monitoreo y la auditoria del Sistema de Control con el fin de proporcionarle sostenibilidad y confiabilidad al sistema.