Los manglares están presentes a lo largo de la costa de las provincias de Esmeraldas, Manabí, Guayas y El Oro, se hallan también en las islas Galápagos. Las formaciones más importantes están situadas en los estuarios de los ríos Mataje-Santiago-Cayapas, Muisne, Cojimíes, Chone, Guayas, y Jubones-Santa Rosa-Arenillas, la zona más amplia se encuentra alrededor del estuario del río Guayas y del golfo de Guayaquil. En las zonas de estuarios de Santiago-Cayapas-Mataje, las precipitaciones muy elevadas proporcionan las condiciones ideales para algunos de los manglares mejor desarrollados en el Pacifico, con árboles que alcanzan más de 50 metros de altura. Debido a la producción camaronera se ha destruido gran parte de las superficies de las zonas forestales de manglar, sin tomar en cuenta el gran daño que le están haciendo a este ecosistema, del que dependen muchas especies.