El hongo Mycosphaerella fijiensis Morelet es el causante de la enfermedad foliar llamada Sigatoka Negra y ataca a las plantas de banano. La reproducción sexual de M. fijiensis se da por compatibilidad genética o tipo de “sexo o mating types”. Esto quiere decir que sólo las líneas de “mating” genéticamente opuestas, son capaces de cruzarse y producir ascosporas. En estos hongos la compatibilidad sexual entre individuos haploides depende de los genes que se encuentran en el locus MAT que existe como dos alelos alternos Mat1–1 y Mat1–2. Este trabajo estudió los genes que actúan para que el apareamiento de M. fijiensis sea posible. Los aislados de M. fijiensis fueron pertenecientes a tres zonas de la provincia del Guayas (Taura, Balao y Mariscal Sucre) y se utilizaron primers específicos para amplificar las regiones de los alelos relacionados con la interacción sexual de las cepas de M. fijiensis. Los aislados de hongos fueron proporcionados por el Centro de Investigaciones Biotecnológicas del Ecuador (CIBE) y se utilizó estos mismos aislados de con el objetivo de identificar a nivel molecular los tipos de alelos sexuales que se presentan en el hongo Mycosphaerella fijiensis. Se determinó la frecuencia que guardan estos alelos siendo esta de 2:1 entre Mat 1-1 y Mat 1-2 respectivamente. El análisis de estos resultados determinó que ni las condiciones de las zonas geográficas, ni la forma de manejar los cultivos en las que se encuentran las muestras afectan esta frecuencia. Estudiar y entender la reproducción sexual de M. fijiensis tiene una enorme importancia para poder contribuir en futuros estudios de prevención y tratamiento de la grave y cuantiosa enfermedad que provoca.