El metabolismo de los sistemas urbanos produce residuos que generan un impacto negativo sobre el medio ambiente. Esta dinámica es incluso más problemática en contextos de alto valor ecológico como Galápagos, donde una mala gestión de los residuos puede comprometer irreversiblemente el ecosistema. El presente trabajo de investigación desarrolla un análisis de flujo de materiales en Santa Cruz – la isla más antropizada de Galápagos – profundizando particularmente en los flujos formales e informales de residuos en el sistema local. El estudio pone en evidencia un esquema complejo de intercambio de materiales, donde el sistema público y privado de gestión de residuos integra prácticas informales que a menudo fortalecen la eficiencia general del sistema. El análisis también sugiere estrategias y acciones para mejorar los mecanismos de reciclo en la isla, además de proponer replicar este tipo de estudio en contextos diversos, en cuanto es una herramienta útil para optimizar el uso de recurso a nivel local y reducir el impacto ambiental.