O objetivo do presente estudo foi avaliar longitudinalmente a acurácia diagnóstica da análise transcripcional de enxertos renais. Trinta e seis receptores de transplante renal foram avaliados pelo período de três meses pós-transplante. Amostras de sangue periférico para a análise dos genes da Perforina e TIM3 pela reação em cadeia da polimerase em tempo real foram coletadas nos dias 3, 4-6, 9-11, 14-16, 19-21, 24-26, 29-31, 44-46, 59-61 e 89-91 do pós-operatório. Biópsias por indicação e de vigilância foram realizadas para avaliar disfunção aguda do enxerto ou durante períodos de disfunção inicial do enxerto (DGF) respectivamente e foram interpretadas usando a classificação Banff de 2007. Treze pacientes apresentaram 16 episódios de rejeição aguda. Receptores com rejeição demonstraram níveis mais elevados de transcritos de mRNA do gene TIM3 em comparação com pacientes que não foram acometidos por episódios de rejeição (mediana da expressão gênica foi de 153,7% e 40,1% respectivamente, p<0,01). Da mesma maneira, a expressão gênica da Perforina foi elevada em pacientes com rejeição (mediana da expressão gênica foi de 136,6% e 46,5% respectivamente, p<0,01). Curvas ROC (receiver operating characteristic) mostraram uma área sob a curva para o gene do TIM3 de 0,752 (intervalo de confiança de 95%: 0,653 – 0,852). A expressão de mRNA de Perforina forneceu uma área sob a curva de 0,733 (com um intervalo de confiança de 95%: 0,580 – 0,809). A acurácia global da expressão gênica foi de 77% para o gene do TIM3 e de 66% para o gene da Perforina. A acurácia combinada dos dois genes alcançou 82%. Valores preditivos negativos foram de 96% nas três análises. A expressão gênica foi significativamente modulada por tratamento de rejeição, onde observou-se um decréscimo de 60% (para o gene do TIM3) e 48% (para o gene da Perforina) em comparação com amostras pré-rejeição. Concluindo, a abordagem longitudinal mostrou-se muito útil para exclusão do diagnóstico de rejeição e também ao determinar a eficácia de seu tratamento.