The aim of this study was to compare marginal adaptation of Endosequence Root Repair Material (ERRM) and Bio-C Repair, as root-end filling materials. Twenty extracted, single-rooted teeth were standardized to 15 millimeters. The remaining roots were prepared and subsequently, they were filled using the continuous wave technique. Then, the apical 3 mm of the root was sectioned and root-end preparation was done with ultrasonic tips. Samples were randomly allocated in two groups: Group A, in which root-end cavities were filled with ERRM paste; and Group B, in which Bio-C Repair was used for root-end filling. Scanning electron microscope images at different magnifications were used in order to measure the gaps between both retrofilling materials and dentin walls. Results showed that ERRM paste showed a mean gap of 6.43 μm, while for Bio-C Repair, the mean gap was 7.5 μm. Statistical analysis revealed that there were no significant differences between the two groups. In conclusion, Endosequence Root Repair Material paste and Bio-C Repair have similar marginal adaptation when used as root-end fillings.El objetivo de la presente investigación in vitro fue comparar la adaptación marginal del Endosequence Root Repair Material (ERRM) y del Bio-C Repair cuando son utilizados en obturaciones retrógradas. Veinte dientes unirradiculares extraídos fueron estandarizados a 15 milímetros. Las raíces remanentes fueron instrumentadas y obturadas mediante la técnica de onda continua. Luego, fueron seccionados los 3 mm apicales de la raíz, y posteriormente se realizó la preparación retrógrada. A continuación, los 20 especímenes se dividieron aleatoriamente en dos grupos: Grupo A, en el cual las muestras se retrobturaron con ERRM en pasta; y Grupo B, en el que se usó Bio-C Repair. Por intermedio de un microscopio electrónico de barrido, se obtuvieron microfotografías a diferentes magnificaciones con el fin de medir, en ambos grupos, los espacios entre el material de retrobturación y las paredes de dentina. Los resultados indicaron que el ERRM en pasta presentó un espacio medio de 6.43 micras, mientras que para el Bio-C Repair, el espacio medio fue de 7.5 micras. Las pruebas estadísticas indicaron que no hubo diferencias significativas entre los dos grupos. En conclusión, el Endosequence Root Repair Material y el Bio-C Repair presentan una adaptación marginal similar cuando se utilizan en obturaciones retrógradas.