Soybean is a crop with a national production in Ecuador which is insufficient to meet its demand. Therefore, soybean seeds and soya beans are imported from countries where the use of transgenic soybean has been approved. As a consequence, there is a probability of finding this type of soybean in Ecuadorian territory. In this research, a detection and quantification SYBR Green-based method of genetically modified soybean was standardized. Primers used for the amplification corresponded to specific sequences of the two most representative recombinant elements in GM (genetically modified) crops, the 35S promoter from the Cauliflower Mosaic Virus (P35S) and NOS terminator from Ti plasmid in Agrobacterium tumefaciens (TNOS). These elements generated 200bp and 69bp amplicons respectively. The quantitative analysis was performed generating a standard curve based on the amplification of certified reference materials with 0.01%, 0.1%, 1% y 10% of GM soybean event GTS 40-3-2, using the above mentioned primers. The detection limit was set at 0.01% while the quantification limit was set at 0.1%. In 2 of the 26 soybean samples analyzed, more than 0.1% of GMOs was found (sample 22 with 0.2% and sample 23 with 14%). Additionally, adventitious GMO presence was detected in 8 of the tested samples. Due to Ecuadorian GMO regulations, this kind of analysis is important in order to determine the presence of GMOs in Ecuador, and is clear evidence for the need of trained personnel and specialized institutions for the detection and analysis of GMOs.La soya es un cultivo cuya producción nacional en el Ecuador no es suficiente para suplir la demanda interna. Por esta razón, se recurre a la importación de semilla de soya para siembra y soya en grano para consumo, desde países donde el uso de soya transgénica ha sido aprobado. Como consecuencia, existe la probabilidad del ingreso de este cultivo a territorio ecuatoriano. En esta investigación, se estandarizó una metodología para la detección y cuantificación de soya genéticamente modificada con tecnología SYBR Green. Los primers utilizados para la amplificación corresponden a secuencias específicas de los dos elementos recombinantes más representativos en soya genéticamente modificada, el promotor 35S del Virus del Mosaico de la Coliflor (P35S) y el terminador NOS del plásmido Ti de Agrobacterium tumefaciens (TNOS), generando amplicones de 200pb y de 69pb respectivamente. El análisis cuantitativo se realizó a partir de la generación de una curva estándar en base a la amplificación usando los primers mencionados en material de referencia certificado con concentraciones de 0.01%, 0.1%, 1% y 10% de soya transgénica del evento GTS 40-3-2. El límite de detección se estableció en 0.01%, mientras que el límite de cuantificación fue establecido en 0.1%. En 2 de las 26 muestras de soya analizadas se encontró más del 0.1% de OGM (organismo genéticamente modificado) (muestra 22 con 0.2% y la muestra 23 con 14%). Además se detectó presencia adventicia de soya transgénica en 8 de las muestras estudiadas. Debido a las regulaciones de OGMs que existen en el Ecuador, este tipo de análisis es importante para confirmar la presencia de OGMs en el territorio ecuatoriano y evidencia la necesidad de contar con personal capacitado e instituciones especializadas en la detección y análisis de organismos genéticamente modificados.