Ruminants are the main reservoir of Coxiella burnetii, an obligate intracellular Gram negative pathogen. This microorganism is the causative agent of Q fever, a a zoonosis transmited to humans by contacting contaminated fluids from infected animals, inhaled aerosols or consuming milk from infected animals. We used Real-Time PCR assay with a Taq-Man fluorescent probe to detect the pathogen in samples of bovine milk collected from random locations in nine Ecuadorian provinces. The assay targeted a 61-63bp repetitive sequence within the IS1111 transposon in C. burnetii. The assay found positive samples in two provinces located close to the Colombian and Peruvian borders and in Chimborazo (Ecuadorian central region). This study is the first in Ecuador to detect Coxiella burnetii using a molecular method of high sensitivity.Los rumiantes son el principal reservorio de Coxiella burnetii, un cocobacilo Gram negativo intracelular estricto. Este microorganismo es el causante de la Fiebre Q, una zoonosis transmitida hacia a los humanos a través del contacto con fluidos, inhalación de aerosoles o el consumo de leche proveniente de animales infectados. Utilizamos PCR en tiempo real con una sonda fluorescente TaqMan para la detección del patógeno en muestras de leche bovina colectadas en localidades aleatorias en nueve provincias de Ecuador. La detección se enfocó en una secuencia repetitiva de 61-63pb del transposón IS1111 de C. burnetii. El estudio encontró muestras positivas para C. burnetii tanto en la provincia de Chimborazo en el Ecuador, como en zonas de frontera con Colombia y Perú. Este estudio es el primero en Ecuador que detecta al patógeno Coxiella burnetii a través de un método molecular de alta sensibilidad.