A preliminary study of the Ecuadorian Amazon basin phlebotomine sand fly (Diptera:Psychodidae:Phlebotominae) at three collection sites (Tiputini, Yasuní and Mondaña) revealed the presence of morphological variation in the male genitalia of Lutzomyia geniculata (Barreto, 1962). According to the size and shape of the coxite, male specimens were separated into two groups: thick and thin coxite males. Experiments were conducted to elucidate whether these differences corresponded to intra or interspecific variation. Specimens from both groups were examined for morphometric variation and results statistically analyzed using parametric and non-parametric tools. Furthermore, fragments of the mitochondrial small subunit (12SrRNA) ribosomal and cytochrome b genes were phylogenetically analized.El estudio preliminar de la fauna de flebótomos (Diptera:Psychodidae: Phlebotominae) en tres localidades de la Amazonia ecuatoriana (Tiputini, Yasuní y Mondaña) reveló la presencia de diferencias morfológicas en la genitalia de algunos especimenes machos de Lutzomyia geniculata (Barreto, 1962) lo que llevó a agrupar a los ejemplares en dos morfotipos distintos: (1) con coxite delgado, y (2) con coxite grueso. Mediante la medición de los principales caracteres taxonómicos y su análisis estadístico mediante pruebas paramétricas y no paramétricas, así como del análisis filogenético de las secuencias de ADN de dos genes mitocondriales (citocromo b y ARNr 12S), se buscó determinar si nuestras observaciones corresponden a diferencias intra o interespecificas.