Introduction: Amebiasis is the third leading cause of death from parasitic disease after malaria and schistosomiasis; most morbidity and mortality have been reported in regions of Central and South America, Africa and the Indian subcontinent. However, the prevalence of amebiasis may be overestimated because most reports rely on microscopy which does not differentiate between the pathogenic E. histolytica and the commensal E. dispar. New diagnostic techniques allow the differentiation and contribute to stablish the prevalence of this parasite. Method: A case-control study was conducted in both rural and urban communities and 346 stool samples were analyzed using microscopic techniques and PCR (gene SREHP) in stool samples to identify and differentiate E. histolytica (553 bp) from E. dispar (567 bp). Results: Frequency of E. histolytica / E. dispar cysts detected by microscopy was 2.6% for the urban population and 14.4% for the rural population. When analyzed by PCR the frequency was 29% in the urban population and 17.8% of the rural population was positive for any species. In the urban population frequency of E. histolytica was 13% whereas that of E. dispar was 16% (3.5% of the samples had coinfection). In the rural population frequency of E. histolytica was 3.4% and E. dispar was 14.4% and there was not evidence of co-infection. E.histolytica infection was not associated with diarrhea in any of the two communities OR 2.07, CI 95% 0.87-4.89 in the urban population and OR 4.37, CI 95% 0.70-7.24 in the rural population. Conclusions: Consistent with similar studies in Ecuador and countries with comparable socio- economic characteristics, E. histolytica’s frequency is lower than that of E. dispar in both populations (urban and rural). E. histolytica was not associated with diarrheal disease. The PCR technique may be a more sensitive and specific diagnostic methodology in fecal testing for amebiasis.Introducción: La amebiasis constituye la tercera causa de muerte por enfermedades parasitarias (después de malaria y esquistosomiasis) a nivel mundial. La mayor morbilidad y mortalidad se han reportado en regiones de Centroamérica, Sudamérica, África, y el Subcontinente Indio. Sin embargo, la prevalencia de la amebiasis podría estar sobreestimada debido a que la microscopía no permite diferenciar E. histolytica (patógena) de E. dispar (no patógena). El uso de métodos moleculares contribuye a establecer la prevalencia real de esta parasitosis. Métodos: Se realizó un estudio de casos-controles en una comunidad rural y en una urbana y se analizó 346 muestras de heces utilizando microscopía simple y amplificación del gen SREHP para identificar y diferenciar E. histolytica (553 pb) y E. dispar (567 pb). Resultados: Por microscopía la frecuencia de quistes del complejo E. histolytica/E. dispar fue del 2.6% en la población urbana y 14.4% en la población rural. Por PCR la positividad fue de 29% en la población urbana y 17.8% en la población rural. En la población urbana la frecuencia de E. histolytica fue del 13%, mientras que la de E. dispar fue del 16% y 3.5% de las muestras presentó co-infección. En la población rural la frecuencia de E. histolytica fue de 3.4%, de E. dispar 14.4% y no se encontró co-infección. E. histolytica no estuvo asociada con diarrea en ninguna de las dos comunidades (OR 2.07, IC 95% 0.87-4.89 en la población urbana y OR 4.37, IC 95% 0.70-7.24 en la población rural). Conclusiones: En concordancia con otros estudios en el Ecuador y países con características socioeconómicas similares, la frecuencia de E. histolytica es menor que la de E. dispar en las dos poblaciones estudiadas. En ambas poblaciones E. histolytica parecería no estar asociada a enfermedad diarreica. La técnica por PCR podría ser una prueba más sensible y más específica para el diagnóstico de amebiasis.